El operativo militar colombiano ocurrió el 1º de marzo de 2008, cuando el actual mandatario era el ministro de Defensa de álvaro Uribe. El juez primero de Lo Penal de Sucumbíos, Daniel Méndez, se abstuvo de acusar al presidente de Colombia, Juan Manuel Santos, por asesinato a raíz de un ataque contra la guerrilla de las FARC en territorio de Ecuador en 2008, al tiempo que llamó a juicio a seis oficiales colombianos.
Lo anterior, luego de que la Fiscalía de ese país acusara al entonces ministro colombiano como autor «intelectual». En el pedido de la fiscalía ecuatoriana se hizo especial hincapié en «la violación de la soberanía de ese territorio, mas no en el fin que perseguía tal acción». No corrió la misma suerte judicial la cúpula militar que comandaba las operaciones en marzo de 2008. El magistrado ecuatoriano anunció que continúa el proceso contra seis jefes militares y policiales de Colombia. Entre ellos, se incluye al ex comandante de las Fuerzas Militares de Colombia, Freddy Padilla; al director de la Policía, Oscar Naranjo; al ex comandante del Ejército, Mario Montoya; al general Jorge Ballesteros, al excomandante de la Armada, Guillermo Barrera y al teniente coronel Camilo álvarez. Los acusados tienen tres días para presentar algún recurso de apelación, aunque Colombia no reconoce la competencia de la Justicia ecuatoriana en este caso. En la operación fallecieron unas 26 personas, entre ellas, el guerrillero «Raúl Reyes», cuatro universitarios mexicanos y un ciudadano ecuatoriano. El accionar militar colombiano tuvo como consecuencias inmediatas la ruptura de relaciones diplomáticas entre ambos países, situación que cambió a fines de 2010, cuando el ahora mandatario Santos restableció gradualmente los vínculos.