Cuando en 1995 se dio el enfrentamiento bélico entre Ecuador y Perú por la invasión de una parte del territorio oriental, sin demarcar, conocido como la Guerra del Cenepa, Latinoamérica consideró a los países como rivales. Incluso existía cierto prejuicio entre los ciudadanos peruanos con los ecuatorianos, y viceversa. Las relaciones bilaterales entre los estados involucrados decayeron por años, perjudicando la economía y el bienestar local. Sin embargo, y a raíz de que existe un Acuerdo de Paz entre ambos países desde 1.998, el vínculo político ha mejorado, llegando hoy a la cumbre de una estrategia bilateral que beneficia a la región.
El Gobierno de Gustavo Noboa (2000-2002) fue posteriormente edificando prácticas de paz por el tema limítrofe. «Es muy grato para mí darle a todo el pueblo peruano un abrazo fraterno a nombre del pueblo ecuatoriano», dijo en una visita al vecino país. Así mismo a consolidar la cooperación comercial y turística, como lo había afirmado el canciller peruano.
Tuvieron que pasar 5 años más para que se fortalezcan aquellos primeros pasos. En 2007 el presidente peruano Alan García expresó en una visita al entonces recién mandatario Rafael Correa, y expresó su «deseo de fortalecer la relación binacional». Este fue un acto símbolico donde ambos presidentes abordaron temas para impulsar un desarrollo colectivo.
Un año más tarde, los presidentes Rafael Correa y Alan García firman un Acuerdo Migratorio que involucra facilidades de permanencia, protección y asistencia a los migrantes de cualquiera de estos países. El acto significó que los dos Gobiernos mantendrían reuniones cada año, aunque «siempre dependiendo de la voluntad política que tengan los Gobiernos», como lo expresó García en ese momento.
En materia social, el vicepresidente ecuatoriano, Lenín Moreno, se comprometió a ofrecer asesoramiento a Perú para realizar un estudio a personas con capacidades especiales, similar al sistema en Ecuador. Así, Perú logró impulsar una campaña para discapacitados.
Apenas García fue sustituido en la Presidencia, Ollanta Humala destacaba en su discurso triunfal, la predisposición de su país para fomentar relaciones bilaterales. Simultáneamente con los seguidos acuerdos de unidad e integración, los mandatarios analizaron los avances de la aplicación del Acuerdo de Paz del 98. El 23 de noviembre del 2012, con la visita de Humala a Cuenca, se dio otro paso; pues el diálogo bilateral giró a ejes temáticos hasta entonces nunca mencionados entre estos países: «infraestructura y conectividad, seguridad y defensa, ambiente, y el reconocimiento del Golfo de Guayaquil como bahía histórica».
Hace pocos días, los presidentes suscribieron un memorándum sobre «cooperación en la industria y tecnología para la Seguridad y Defensa». Según medios oficialistas, esto «unirá esfuerzos para desarrollar la industria naval y la construcción conjunta de embarcaciones». Para María Fernanda Espinoza, ministra de Patrimonio «La paz entre Ecuador y Perú es un ejemplo para la región».
